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日期: 2020-03-29 | 來源: 澎湃 | 有0人參與評論 | 專欄: 新冠疫情 | 字體: 小 中 大
截至作者們撰寫這篇文章，已經有近200個新冠病毒基因組公開可用，“代表了該病毒在中國及其它地區的基因組多樣性，並提供了壹個可自由獲取的全球資源。”這些新冠病毒基因組序列數據的發布對診斷測試、疫苗和抗病毒藥物的開發來說都至關重要。
作者們提到，盡管回顧性分析已經確認在中國湖北武漢有患者早在2019年12月1日就出現了症狀，但第壹例新型肺炎（COVID-19）報告是在2019年12月下旬。
新冠病毒感染者的病例數量正在迅速增長並在全球范圍內蔓延。然而，實際病例數很可能比報告的數字要大很多，因為非常輕微或無症狀的感染者常常未被統計進去。作者們提到，這實際上顯然意味著與COVID-19相關的病死率（CFR）將低於目前引用的數據。
如果不通過大規模的血清學調查，這些不確定性可能都無法解決，但當前數據很明顯，COVID-19的病死率顯著高於季節性流感，不過也低於兩個密切相關的冠狀病毒：2002年-2003年的SARS-CoV，以及自2015年以來壹直存在（主要集中在阿拉伯半島）的MERS-CoV。
然而，也有證據表明，新冠病毒比SARS-CoV和MERS-CoV更具傳染性，個體在無症狀或處於有症狀前的潛伏期即可傳播病毒。
最早的基因組序列數據清楚地表明，新冠病毒是β冠狀病毒屬成員，屬於其中壹個亞屬Sarbecovirus屬。初步分析顯示，新冠病毒與SARS-CoV在核苷酸水平上的相似度為79%。不過，新冠病毒和SARS-CoV在刺突蛋白（S蛋白，與宿主細胞受體相互作用的關鍵表面糖蛋白）上僅表現出72%的核苷酸序列相似性。
作者們提到，2013年在中國雲南采集的中華菊頭蝠樣本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性為96%。盡管存在這種序列相似性，但新冠病毒和RaTG13在許多關鍵的基因組特征上存在差異，其中最重要的壹點是，新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亞基交界處的壹個多鹼基（furin）酶切位點插入（PRRA殘基）。
這種插入可能增加病毒的傳染性，但在其他相關的β冠狀病毒並不存在。類似的多鹼基插入在其他人類冠狀病毒中存在，包括HCoV-HKU1，以及在禽流感病毒的高致病性毒株中也存在。
此外，新冠病毒和RaTG13的受體結合域（RBD）也只有85%的相似性，並且在6個關鍵氨基酸殘基中只有壹個是相同的。序列和結構的比較表明，新冠病毒的RBD非常適合與人類ACE2受體結合，SARS-CoV也利用了該受體。
值得注意的是，由霍爾姆斯參與的另壹項最近發表在預印本網站bioRxiv上的研究顯示，中國科學院西雙版納熱帶植物園去年在雲南的馬來菊頭蝠中采集到的糞便樣本中新發現了壹種蝙蝠冠狀病毒（RmYN02）。RmYN02中也觀察到S1/S2裂解位點PAA氨基酸的獨立插入。
作者們認為，這些插入事件反映了正在進行的冠狀病毒的自然進化。雖然RmYN02在S蛋白上與新冠病毒有相當大的差異（序列相似性大約72%），但在最長編碼基因去1ab上親緣關系最接近（核苷酸序列相似性大約97%）。
張永振等人表示，雖然SARS-CoV和MERS-CoV都與新冠病毒密切相關，並且都有蝙蝠宿主，但是這些病毒之間的生物學差異是驚人的。“如上所述，新冠病毒的傳染性明顯更強，導致它與SARS-CoV和MERS-CoV的流行病學動態非常不同。”
在SARS-CoV和MERS-CoV兩種病毒中，病例數相對緩慢上升，MERS-CoV至今還沒有能夠完全適應在人類中傳播：大多數病例都是由於病毒來源於阿拉伯半島上的駱駝，並只有零星的人際傳播。“相比之下，新冠病毒在當地和全球范圍內的顯著傳播卻讓人大吃壹驚。確定支持這種傳播性的病毒學特征顯然是壹個優先事項。”
武漢華南海鮮市場的起源不確定性：幾年前探訪過市場
此前的觀察顯示，第壹批報告的COVID-19病例和武漢的華南海鮮野生動物市場有關聯。值得壹提的是，張永振、霍爾姆斯等人曾在2014年親身探訪過該市場，霍爾姆斯提供的壹張照片顯示，當時該市場即出售野生動物。
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