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日期: 2021-06-08 | 來源: 加西網 | 有177人參與評論 | 專欄: 新冠疫情 | 字體: 小 中 大
對病毒基因組和大流行早期流行病學數據的分析
聯合團隊回顧了通過中國國家生物信息中心在其包含所有可用冠狀病毒序列和元數據的綜合數據庫中收集的數據。選擇了2019年12月和2020年1月收集的樣本的所有序列數據進行深入分析，回顧了病毒在大流行第壹階段的多樣性。對於在中國武漢發現的病例，將其數據與流行病學背景相聯系後選擇12月31日前發病的病例。
最終分析結果顯示，在暴露於華南海鮮市場的病例中，有幾例病例的病毒基因組是相同的，說明這些病例可能是某個聚集病例群的壹部分。但序列數據也顯示，武漢市大流行初期就已經存在壹定的病毒多樣性，說明在華南海鮮市場群之外還有未采樣的傳播鏈。從生肉暴露或毛皮動物暴露的流行病學參數來看，沒有明顯的病例聚集現象。
根據早期序列數據估計到最近共同祖先的時間
此外，通過分析來估計終末數據集中SARS-CoV-2序列到最近的共同祖先的時間(tMRCA)，並與之前的研究結果進行比較。這樣的tMRCA分析可以被認為是估計的，並不能提供起源時間的確切證明。分子序列數據分析表明大流行的開始時間可能在12月中旬之前的某個月。估計的時間點從9月下旬到12月上旬不等，但大多數估計點在11月中旬到12月上旬之間。
SAES-CoV-2的文獻綜述：早期發現
最後，對已發表的文獻中表明SARS-CoV-2早期循環的數據進行了回顧。這些來自不同國家的研究表明，SARS-CoV-2的循環比最初發現病例的時間早了幾周。部分疑似陽性樣本的檢測時間甚至早於武漢首例病例，提示其他地區可能存在漏診的情況。但到目前為止，研究的質量還很有限。
盡管如此，調查這些潛在的早期事件還是很重要的。
動物及環境研究人們在不同動物中發現了在系統進化上與SARS-CoV-2相關的冠狀病毒，包括菊頭蝠和穿山甲。然而，在湖北省采取的蝙蝠樣本並未發現SARS-CoV-2病毒存在的證據，中國各地野生動物的采樣至今也未發現SARS-CoV-2的存在。
我國31個省共采集野生動物、畜禽標本8萬余份，在SARS-CoV-2爆發前後均未發現SARS-CoV-2抗體和核酸陽性結果。通過對華南海鮮市場動物產品的廣泛檢測，未發現動物感染的證據。
在華南海鮮市場關閉後的環境取樣顯示923例環境樣品中有73例樣本呈陽性，表明其表面普遍有SARS-CoV-2污染，符合通過感染者、感染動物、被污染的產品引入病毒的情況。
華南海鮮市場的供應鏈包括來自於20個國家的冷鏈產品和動物制品，這其中有些國家在2019年年底前報告有SARS-CoV-2陽性樣本，或發現有與SARS-CoV-2關系密切的病毒。有證據表明，市場內銷售的壹些養殖野生動物物種制品對SARS-CoV-2易感，然而在本研究中，市場上采集的動物樣本均未檢出陽性結果。冷鏈產品未進行檢測。
然而，這些研究結果確實提出了可能存在不同引入途徑的可能性，強調了有必要對這些供應鏈進行仔細的追溯和對樣本進行檢測。
SARS-CoV-2可在冷凍食品、包裝和冷鏈產品的條件下存活。中國最近暴發的疫情中的指示病例與冷鏈有關。研究表明，病毒在低溫下可以長期存活，因而可以在冷凍產品上被長距離攜帶。目前正在進壹步研究病毒在不同溫度下的存活能力。
華南海鮮市場有大量攤位出售冷鏈產品。流行病學研究表明，有冷鏈貨物的攤位出現病例的相對風險高於無冷鏈貨物的攤位。需要進壹步分析來確定時空對應關系和糾正抽樣中存在的潛在偏倚。
其他應開展的研究包括追溯從2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告的地區進口的冷鏈貨物，以及通過訪談供應商追溯冷凍野生動物制品動從供貨養殖場到華南海鮮市場的過程。
在向中國供應冷鏈產品的其他國家，已經發現包裝和產品上有SARS-CoV-2的證據。有證據表明，在向中國提供冷鏈產品的其他國家存在早期病例群。
另壹個問題是調查2019年底前有SARS-CoV-2陽性樣本報告地區或是動物中發現SARS相關冠狀病毒的國家(如東南亞國家)的冷鏈或冷藏供應鏈。與此同時，壹定要區分冷鏈在國外輸入病毒和市場本身發生疫情中的作用，後者可能是感染者污染了產品。
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